Dans le but de réduire l’attrait des pavillons de libre immatriculation pour les armateurs européens, la Commission de l’Union Européenne a publié dès 2004 des « Lignes directrices communautaires sur les aides d’État au transport maritime ».
La plus importante des mesures adoptées consiste en la possibilité offerte aux armateurs européens de bénéficier de la taxe au tonnage (tonnage tax). Ainsi, les compagnies maritimes peuvent demander à être imposées sur la base du tonnage qu'elles exploitent, au lieu d'être imposées selon le système général d'imposition des sociétés.
La taxe au tonnage est due que les résultats d’exploitation soient bénéficiaires ou déficitaires mais elle présente l’avantage d’être prévisible et de réduire drastiquement le montant global de l’impôt payé par les armateurs européens.
L’autre mesure importante adoptée par l’UE concerne le coût des équipages employés à bord de navires battant le pavillon d'un État membre de l'UE ou de l'Espace économique européen (EEE). Cette mesure permet que l’impôt sur le revenu et les charges sociales soient partiellement réduits ou supprimés (net wage).
La Commission européenne a récemment approuvé diverses règles en matière d'aides d'État que Chypre, le Danemark, l'Estonie, la Pologne et la Suède ont édictées pour promouvoir l'immatriculation de navires de commerce dans leurs registres et améliorer leur compétitivité sur le marché international.
Les armateurs européens n’ont utilisé les facilités offertes que dans des trafics particuliers, car l’attrait des pavillons de libre immatriculation reste très fort. Près de 80°/° de la flotte mondiale continue à être immatriculé sous pavillon de libre immatriculation.
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